En 1940 pasa a depender de la Federación Asturiana participando, en los siguientes años, en el Campeonato Regional para iniciar su andadura por la Tercera División en 1943.

En las campañas posteriores su clasificación no alcanza puestos de relevancia hasta la temporada 1953-1954 donde queda segunda jugando el ascenso en una liguilla en la que intervienen Caudal, La Felguera, Huesca y Gerona. Al final de la misma, termina en tercera posición.

En 1943 inicia su andadura en la Tercera División

En la temporada 1945-1946 en Tercera División, la Deportiva disputó el partido inaugural del campo "Santa Isabel" en Santiago de Compostela. La Ponferradina consiguió la victoria por 0- 3 ante el Club Santiago.

En 1945 se le concede a D. Fernando Miranda la medalla al mérito deportivo. Fue presidente de la Ponferradina durante las temporadas 1923-1926, 1928-1931 y 1936-1946. Además fue Presidente de Honor desde 1946 hasta 1949.

El primer título nacional lo alcanzaba en la campaña 1957-1958 al clasificarse campeón del Grupo, hecho que se acoge festivamente en la ciudad. El sorteo de la eliminatoria por el ascenso le depara enfrentarse al Baracaldo siendo necesario, después de los choques en los respectivos campos, un tercer partido en terreno neutral que se celebra en Burgos. La parcial actuación del colegiado de turno, que deja a la Deportiva con siete jugadores, hace que el resultado se decante del lado vasco por 2-1.

La promoción vuelve a jugarla en la temporada 1963-1964 pero el Fabril de La Coruña le cierra el camino.

El primer título nacional lo alcanzaba en la campaña 1957-1958 al clasificarse campeón del Grupo.

El intento volvería a repetirse dos campañas después al ser primera en la tabla con tan solo un partido perdido de los treinta disputados y ciento cuatro goles marcados pero, en esta ocasión, el Eldense sería el encargado de eliminarla.

En la 1966-1967 son segundos pasando las dos confrontaciones previas para caer en la definitiva frente a la U.P. de Langreo que defendía la categoría.

Tras unas temporadas ocupando siempre puestos por la cabeza de la tabla, la Ponferradina entra en una fase de penurias económicas y deportivas que llevan al descenso al final de la campaña 1973-1974 y a la venta del campo de Santa Marta, propiedad del Club, celebrándose el último partido en dicho terreno el 16 de marzo de 1975 pasando a jugar en Fuentesnuevas.

Vuelven a Tercera habiendo perdido solo cinco encuentros de los treinta y ocho jugados.

La primera temporada en Regional no pasa de ser discreta, pero en la segunda la marcha es imparable acabando el año de 1975 como único equipo español imbatido con quince partidos disputados y otras tantas victorias. Al final vuelven a Tercera habiendo perdido solo cinco encuentros de los treinta y ocho jugados. Las clasificaciones que va obteniendo el conjunto blanquiazul, en los siguientes años, son buenas teniendo en cuenta la potencialidad del grupo en que milita.

En la primera temporada de la década de los ochenta la Deportiva llega a la tercera ronda de la Copa enfrentándose al Sporting de Gijón y terminando segunda en la tabla clasificatoria lo que supone volver a jugar el ascenso. Pasa la primera eliminatoria frente al Lugo y en la decisiva contra el Erandio, con el partido de vuelta en casa teniendo que remontar solo un gol en contra, el equipo acaba perdiendo lo que supone una gran decepción para todos.

En la temporada 1985-1986 la Ponferradina consigue el ascenso directo a Segunda B.

En las siguientes campañas la Ponferradina siempre queda clasificada entre los cinco primeros, y en la 1985-1986 logra la segunda plaza, volviendo a disputar el ascenso a Segunda B. Tras eliminar al Eldense juega frente al Mallorca B, empatándose en los encuentros de ida y vuelta decidiéndose la eliminatoria por penaltis en el terreno mallorquín, donde el triunfo, y por tanto el cambio de categoría, corresponde a los insulares. Al siguiente año la Deportiva se muestra intratable, sólo pierde tres de los cuarenta encuentros jugados, lo que supone la primera posición y con ello, el ascenso directo dado que los tres primeros tenían plaza en la categoría de bronce del fútbol español. Al frente del equipo como técnico Arlindo Cuesta y en la presidencia Delfrido Pérez Vales.

La primera temporada en Segunda B marca la mejor posición en la misma al ser cuarta en la tabla. En la siguiente se ilumina el campo de Fuentesnuevas y en la 1990-1991 llega a la cuarta ronda de la Copa del Rey correspondiendo eliminarse con el Zaragoza que gana en campo ponferradino por 2-1, pero no pasa del empate en La Romareda. Pero en la Liga el equipo está a punto de descender salvándose en la última jornada. Nuevos éxitos en la andadura copera en la campaña 1992-1993 dado que en la tercera eliminatoria le corresponde el Sevilla donde juega Maradona. Como es lógico los andaluces eliminan a los bercianos que acaban la temporada en la octava plaza.

En la siguiente, en la Copa le toca el Osasuna, la marcha no es buena y se acaba ocupando la penúltima posición y con ello se produce el descenso. Un descenso que trae también una caótica situación económica del Club, que ha quedado en manos de una Junta Gestora que al no conseguir ayudas presenta su dimisión. Los contratos han sido denunciados por los jugadores a la A.F.E. y la fecha del 29 de julio de 1994 marca el plazo máximo dado por la Federación para liquidar las deudas. Un nuevo grupo gestor, encabezado por Martín Pérez, toma las riendas en una lucha contra el calendario para recaudar con urgencia quince millones. La movilización es total tratando de sensibilizar a la ciudad de la inminente desaparición de la entidad. Al final se produce el milagro, la Deportiva liquida sus deudas y comienza una nueva andadura por Tercera.

La Deportiva liquida sus deudas y comienza una nueva andadura por Tercera.

La primera temporada en la nueva categoría es de transición, y bastante hace con mantenerse. En la siguiente acaba en la decimocuarta plaza. Será en la campaña 1996-1997 cuando en el limpio historial del Club aparezca un borrón. Se ha partido con el único objetivo de jugar la fase de ascenso y la marcha del equipo, pese a los cambios en el banquillo, supone estar entre los cuatro primeros a falta de cinco jornadas. Pero entonces estallaba el escándalo por intento de compra del encuentro frente al Ribert, a cargo del segundo técnico que había tomado las riendas al ser cesado el primer entrenador en fechas anteriores. La Federación abre un expediente y al final del mismo no hace falta que le apliquen la sanción de pérdida de puntos porque los blanquiazules habían quedado quintos empatados con el Zamora.

Para la campaña 1997-1998 vuelve a la presidencia Delfrido Pérez, se contrata a José Carrete como entrenador y se hace un equipo de garantía para intentar el definitivo salto. La Deportiva acaba tercera y juega la liguilla llegando al último partido, en casa y frente al Compostela, con todo a su favor dado que hasta le vale un empate pero en medio de un ambiente dispuesto para la fiesta, se acaba perdiendo, y con ello, quedándose una vez más a las puertas del ascenso.

En la campaña 1997-1998 juega la fase de ascenso, donde no pierde ningún partido, retornado a Segunda B.

En la temporada siguiente, Carrete deja el equipo en noviembre y toma las riendas técnicas Jesús Tartilán. Bajo su batuta la Ponferradina acaba la competición regular en tercera posición y realiza una soberbia fase de ascenso, donde no pierde ningún partido, retornado a Segunda B.

La primera campaña de su regreso a la categoría no es buena y el equipo entrenado por José Antonio Saro, que se incorpora en octubre, marcha a lo largo de la misma en las posiciones de cola salvándose del descenso en la última jornada de liga. Para entonces se ha realizado un relevo en la dirección del Club pasando a regir sus destinos José Fernández Nieto.

En la primera temporada de la nueva etapa de 2ª B, el sufrimiento fue la tónica a lo largo de toda la campaña y, tras 37 jornadas en puestos de descenso, con la agónica victoria en el último partido ante el Fuenlabrada en el campo del Fuentesnuevas, unido a una combinación de resultados de otros equipos, se consiguió eludir incluso la promoción de descenso, lo que llevó a los aficionados como si de un segundo y consecutivo ascenso se tratara.

En la campaña se llega a ocupar el liderato del Grupo e incluso estar entre los cuatro de cabeza.

En los inicios de la temporada 2000-2001 se produce el cambio de terreno de juego al inaugurarse en Ponferrada el nuevo campo municipal, el estadio de El Toralín, una moderna y funcional instalación acorde con la ciudad y con capacidad para seis mil espectadores. El partido inaugural, 5 de septiembre, lo juega la Deportiva frente al primer equipo del Celta de Vigo. En la campaña se llega a ocupar el liderato del Grupo e incluso estar entre los cuatro de cabeza pero al final termina en la zona media de la tabla, cumpliéndose el objetivo de consolidar la categoría.

En la temporada 2001-2002 , con D. José Fernández Nieto presidiendo la entidad, se hace cargo del equipo el entrenador Simón Pérez. Las dos temporadas que permanece al frente del equipo sirven como consolidación del club en la categoría, finalizando en los puestos 14º y 11º de la clasificación, en ambas temporadas con 49 puntos.

En la 2003-2004 Miguel A. Alvarez Tomé releva a Simón Pérez en el banquillo y consigue clasificar al equipo en una meritoria 7ª posición que da opción a participar en la Copa de S.M. El Rey. Al finalizar esta temporada se convocan elecciones a la Presidencia, a las que concurre como único candidato el actual Presidente D. José Fernández Nieto.

La temporada 2004-2005 ha culminado con el equipo campeón de su grupo (II de 2ªB).

La temporada 2004-2005, con D. José Fernández Nieto de presidente y M. A. Álvarez Tomé de entrenador, ha resultado ser la más exitosa en toda la historia del club, pues ha culminado con el equipo campeón de su grupo (II de 2ªB). En la eliminatoria para el ascenso a 2ª división se enfrenta a la S.D. Alcalá, con resultado de 1-1 (en la ida) y 0-1 en el Toralín (en la vuelta), por lo que el equipo pierde las opciones de pasar al siguiente encuentro.

Como resumen de la temporada, la S.D. PONFERRADINA, ha pasado a ser uno de los grandes de su grupo, ha realizado excelentes fichajes que han dado muchas tardes de satisfacción a su afición y se ha hecho merecedor de la admiración y respeto de sus adversarios.

La S Deportiva Ponferradina, ha completado en la temporada 2005/2006 el ascenso a segunda división del fútbol español. Con D. José Fernández Nieto de Presidente y D. Argimiro Pérez García ("Pichi" Lucas) de entrenador, logró el mayor éxito deportivo de su dilatada historia.

La S Deportiva Ponferradina, ha completado en la temporada 2005/2006 el ascenso a segunda división del fútbol español.

Finalizó la temporada en cuarta posición y en la liguilla de ascenso se enfrentó en primer lugar al Universidad de Las Palmas de Gran Canaria con resultado de 3-2 en El Toralín y 1-2 en la vuelta. La segunda eliminatoria resultó ser ante el Alicante CF, con resultado de 1-1 en la ida y 0-1 en la vuelta (gol de Fran a falta de pocos minutos para el final del encuentro). El equipo a su regreso, fué recibido por miles de seguidores en la ciudad, que le acompañaron en su recorrido triunfal desde el estadio hasta la Plaza del Ayuntamiento, donde cerca de 20.000 personas, presenciaron la recepción efectuada por el Ayuntamiento de Ponferrada y pudieron contemplar a todos los integrantes de la plantilla blanquiazul en el balcón municipal.

Se cierra así una temporada de recuerdo histórico, con el equipo en una categoría nunca antes alcanzada, a la que contribuyó la excelente labor realizada tanto por el entrenador, como por la plantilla que con algunas incorporaciones han brindado grandes ilusiones a lo largo de muchas jornadas, finalmente confirmadas logrando el ascenso.